Getty Images / HuffPost Les sous-variantes BA.4 et BA.5 d’Omicron sont en augmentation en France alors que le nombre de cas quotidiens semble augmenter.
SCIENCE – Un calme de courte durée ? Les cas de Covid-19 sont en forte baisse en France depuis des semaines… Mais la pollution a cessé de baisser. Même les cas sont repartis à la hausse ces derniers jours, ce qui fait craindre une septième vague de coronavirus en France.
Ce vendredi 3 juin, la Direction générale de la santé a dénombré 19 451 tests quotidiens positifs en moyenne sur la semaine écoulée. Un chiffre qui augmente de 20% en sept jours, comme on peut le voir dans les graphiques ci-dessous.
Cet engouement devra être confirmé dans les prochains jours dans les chiffres les plus précis de Santé publique France, qui recueille les cas positifs selon le jour du test, mais avec un délai supplémentaire. La courbe est déjà stagnante et n’est plus descendante. Comme les hospitalisations ou les décès pour Covid. Le taux de positivité augmente lentement.
Épiphénomène ou début d’une grande nouvelle vague ? Il est trop tôt pour le dire, mais il est probable que le nombre de cas continuera d’augmenter dans les prochains jours. Quant aux causes, elles sont multiples, mais l’un des principaux coupables est une variante, encore une fois. Ou plutôt deux sous-variantes d’Omicron, BA.4 et BA.5, qui ont déjà causé d’importantes vagues de pollution dans d’autres pays.
BA.5 et BA.4 sont imposés en France
Cet hiver, le tsunami d’Omicron a été suivi d’une plus petite vague de pollution, principalement due à l’assouplissement des restrictions et à l’émergence de BA.2, une sous-variante d’Omicron plus polluante.
Depuis début mai, deux autres sous-variantes ont marqué la France de leur empreinte : BA.4 et BA.5. Détectés pour la première fois en Afrique du Sud (où Omicron a également été séquencé pour la première fois), ces deux variants ont un avantage sur les versions précédentes d’Omicron.
“Probablement en raison de sa capacité à échapper à l’immunité acquise par infection et/ou vaccination, surtout si elle a diminué avec le temps”, a déclaré le Centre européen de contrôle des maladies (ECDC) dans un rapport du 13 mai.
En France, 5 % des contaminations pour lesquelles le génome du coronavirus est séquencé sont liées à BA.5 et 0,8 % à BA.4, selon Santé publique France. Mais le séquençage prend du temps, et la dernière analyse porte sur la contamination antérieure au 23 mai.
Il est possible, en criblant les tests, de détecter plus rapidement une suspicion d’infection par les sous-variants BA.5 et BA.4, qui ont tous deux une mutation commune par rapport à BA.1 et BA.2, les dominants. Omicron se forme en France. Comme le montre le graphique suivant, on se rend compte avec cette méthode que la part de BA.4 et BA.5 augmente fortement.
Deux vagues à l’étranger, mais…
“La présence de ces variantes pourrait entraîner une augmentation globale significative des cas de COVID-19 dans l’UE au cours des semaines et des mois à venir”, a déclaré l’ECDC à la mi-mai. Le graphique suivant, qui sépare les polluants BA.2 et BA4 ou BA.5, montre l’évolution de ces sous-variantes en France.
BA.4 et BA.5 ont déjà provoqué une vague de pollution en Afrique du Sud qui a commencé le 1er avril, suivie d’une augmentation des hospitalisations et des décès. Le pic de cas a été atteint un mois plus tard. Mais pour l’instant, l’impact hospitalier a été plus limité que lors des vagues précédentes.
BA.4 et BA.5 ont également prévalu un peu plus tard au Portugal, provoquant également une augmentation de la pollution qui a commencé début mai et se poursuit toujours.
Cependant, ces sous-variantes d’Omicron ne conduiraient pas à des augmentations similaires si elles sont indispensables en France. Plusieurs facteurs entrent en jeu, dont le nombre de contacts, mais aussi l’immunité de la population.
À ce stade, cependant, la France diffère légèrement de l’Afrique du Sud et du Portugal : après BA.1, la variante BA.2 a infecté de nombreuses personnes. Santé Publique France, dans une analyse publiée le 18 mai, rappelle à ce sujet que « BA.4 et BA.5 sont génétiquement plus proches de BA.2 que de BA.1 et, de ce fait, BA.2 pourrait conférer une meilleure protection contre BA. 4 et BA.5 ».
Bref, on peut dire sans erreur que le déclin de la 6ème vague s’est arrêté en France, en partie grâce à la mise en place des variantes BA.4 et BA.5, suspectées de pouvoir renforcer les personnes normalement immunisées. Mais aujourd’hui, il est difficile de dire dans quelle mesure la surcontamination due à ces nouvelles versions d’Omicron conduira à une augmentation significative des cas.
Et même s’il y a une augmentation significative, comme en Afrique du Sud et au Portugal, l’impact sur l’hôpital est encore plus difficile à prévoir. Si l’immunité vaccinale et les infections antérieures réduisent encore fortement le risque de formes graves, les conséquences sanitaires d’une 7ème vague seront limitées. Pour répondre à ces questions, il faudra s’armer de patience et analyser l’évolution des indicateurs dans les semaines à venir.
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