Les premiers résultats de l’analyse génétique de la souche monkeypox collectée au Portugal ont révélé que la souche qui a infecté 780 personnes hors d’Afrique était, au moment de la rédaction, phylogénétiquement apparentée à celle de 2017-2019, isolée à Singapour, Israël au Nigeria. et le Royaume-Uni.
Aujourd’hui, deux spécialistes de l’évolution virale de l’Université d’Édimbourg en Écosse ont fourni une analyse génétique beaucoup plus détaillée qui fournit des indices pour comprendre pourquoi cette souche de virus monkeypox se propage si bien parmi les humains.
47 mutations dans la souche monkeypox 2022
Entre la souche 2022 et ses ancêtres 2017-2019 plus récents, il y a 47 nucléotides de différence. C’est-à-dire qu’en quelques années, le virus a accumulé 47 mutations. C’est beaucoup si l’on considère que le taux de mutation de la variole, un autre orthopoxvirus, est d’une ou deux mutations par an.
Ce nombre inhabituel de mutations pourrait être un signe que le virus du monkeypox s’est adapté à l’homme. Une hypothèse à l’étude en ce moment et qui n’apporte toujours pas de réponse claire. En effet, la plupart des mutations observées sont dues à l’action d’une enzyme antivirale, Apobec3, qui agit contre les virus en introduisant des mutations dans leur ADN dans l’espoir de les rendre non viables et de bloquer leur réplication.
Apobec3 provoque des déaminations, ciblant principalement les duos à base de TC, les transformant en TT (ou son équivalent AG en AA) et GG, en les transformant en AG (ou son équivalent AA en AC). Sur les 47 mutations identifiées, 42 étaient sourdes de CT à TT et 3 de GG à AG. Les deux autres sont le résultat d’autres mécanismes.
Par conséquent, l’enzyme Apobec3 est la principale source de mutations dans le génome du virus monkeypox. Ce constat soulève plusieurs questions. A-t-il agi dans des réservoirs non humains avant d’apparaître chez l’homme ? Le système antiviral Apobec existe chez les rongeurs mais ne laisse pas les mêmes signatures dans le génome des virus sur lesquels il agit.
Circulation interhumaine de longue date ?
Ces mutations témoignent-elles d’une adaptation de plusieurs années du virus à l’homme ? Sur ce point, les scientifiques suggèrent que “le schéma que nous voyons dans ces génomes MPXV (monkeypoxvirus) depuis 2017 indique une réplication chez l’homme et que l’hérédité de changements spécifiques survenus entre 2017 et 2018, puis dans les virus à partir de 2022, cela signifie qu’il y a eu une transmission interhumaine soutenue depuis au moins 2017. »
En 2017, des cas de variole, animaux et humains ont été signalés dans plusieurs pays d’Afrique centrale et occidentale, dont plusieurs milliers par an en République démocratique du Congo. Il s’agissait principalement de transmissions de l’animal à l’homme. S’il y avait une transmission interhumaine soutenue, comme le pensent les scientifiques, avant la situation actuelle, elle est passée inaperçue. D’autres résultats sont attendus pour comprendre pourquoi il y a tant de cas de monkeypox en dehors de l’Afrique.
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