L’origine de la « peste noire » est un très vieux débat parmi les historiens. L’un des indices souvent avancés était celui de la Chine, mais aucune preuve solide ne pouvait étayer cette théorie. L’épidémie de peste noire a atteint l’Europe en 1346 via le bassin méditerranéen, utilisant des navires transportant des marchandises de la mer Noire.
C’est grâce à l’ADN humain ancien que les chercheurs ont pu localiser la source. En huit ans, la « peste noire » a tué jusqu’à 60 % de la population en Europe, au Moyen-Orient et en Afrique du Nord. ils étaient basés sur deux sépultures médiévales dans le nord du Kirghizistan. Près du lac Issyk Kul, une centaine de tombes, datées de 1338-1339, portaient une épitaphe mentionnant une « mort de peste », en ancien syriaque. Une surmortalité, bien avant que la peste noire n’atteigne l’Europe.
L’ADN dentaire à sept squelettes a montré qu’ils avaient été infectés par la bactérie Yersinia pestis responsable de la peste noire. C’était aussi une souche à la base de “l’arbre génétique” de la peste, en plein centre de la diversification génétique massive associée à l’épidémie en Europe. Cela confirme, selon les chercheurs, que cette région du Tian Shan a été le point de départ de l’expansion. L’étude indique également que les rongeurs actuels du Tian Shan abritent la souche bactérienne la plus proche jamais trouvée de celle des victimes humaines de 1338-1339. A cette époque, les locaux pratiquaient le commerce à longue distance et vivaient au cœur des Routes de la Soie. Ses nombreux voyages ont dû permettre à l’épidémie de se propager à travers la mer Noire. Chaque année, des milliers de personnes restent infectées par la peste. Dans les monts Tian Shan, les marmottes sont le principal réservoir animal de la maladie.