Grégory Rozières / Le HuffPostLa sous-variante Omicron BA.5 a stoppé la chute de la sixième vague du Covid-19 en France.
SCIENCE – Il n’y a pas que les températures qui augmentent à l’approche de l’été. La courbe de contamination au coronavirus ne descend plus depuis quelques jours. Le nombre de cas quotidiens de Covid-19 repart même à la hausse, même si la tendance est difficile à percevoir clairement avec les vacances faussant le dépistage.
Ce samedi 11 juin, le nombre de tests quotidiens positifs dépasse déjà les 40 000 depuis trois jours, ce qui fait craindre une 7e vague de coronavirus en France, selon les données de la Direction générale de la Santé. Les chiffres augmentent en moyenne de 30% sur une semaine, comme on peut le voir dans les graphiques ci-dessous.
Evidemment, il faudra suivre l’évolution dans les prochains jours. Notamment parce que les nombreuses vacances impliquent des variations qui affectent les chiffres quotidiens, mais aussi les moyennes. Dans les chiffres adoucis depuis 7 jours par Santé publique France (qui recense les cas positifs selon le jour du test avec un délai supplémentaire) on pense pouvoir déceler une baisse, qui en fait est due au jour férié du lundi 6 juin .
Quoi qu’il en soit, nous pouvons clairement voir que la tendance est plutôt plate, voire à la hausse. Il en va de même pour les courbes d’hospitalisation. Le taux de positivité a augmenté de deux points en deux semaines.
Si certains départements, notamment en Île-de-France, sont plus touchés que d’autres, on voit bien sur la carte ci-dessous que l’épidémie progresse dans la plupart des métropoles.
Épiphénomène ou début d’une grande 7ème vague ? Il est trop tôt pour le dire, mais il est probable que le nombre de cas continuera d’augmenter dans les prochains jours. Quant aux causes, elles sont multiples, mais l’un des principaux coupables est une variante, encore une fois. Ou plutôt deux sous-variantes d’Omicron, BA.4 et BA.5, qui ont déjà causé d’importantes vagues de pollution dans d’autres pays.
BA.5 et BA.4 sont imposés en France
Cet hiver, le tsunami d’Omicron a été suivi d’une plus petite vague de pollution, principalement due à l’assouplissement des restrictions et à l’émergence de BA.2, une sous-variante d’Omicron plus polluante.
Depuis début mai, deux autres sous-variantes ont marqué la France de leur empreinte : BA.4 et BA.5. Détectés pour la première fois en Afrique du Sud (où Omicron a également été séquencé pour la première fois), ces deux variants ont un avantage sur les versions précédentes d’Omicron.
“Probablement en raison de sa capacité à échapper à l’immunité acquise par infection et/ou vaccination, surtout si elle a diminué avec le temps”, a déclaré le Centre européen de contrôle des maladies (ECDC) dans un rapport du 13 mai.
En France, 18 % des contaminations pour lesquelles le génome du coronavirus est séquencé sont liées au BA.5, selon Santé publique France. Mais le séquençage prend du temps, et la dernière analyse porte sur la contamination antérieure au 23 mai.
Il est possible, en criblant les tests, de détecter plus rapidement une suspicion d’infection par les sous-variants BA.5 et BA.4, qui ont tous deux une mutation commune par rapport à BA.1 et BA.2, les dominants. Omicron se forme en France.
Comme le montre le graphique suivant, on se rend compte avec cette méthode que la part de BA.4 et BA.5 augmente fortement. Près d’un cas de coronavirus sur trois aujourd’hui est dû à ces sous-variantes, probablement BA.5 dans la majorité, compte tenu des résultats des enquêtes flash.
Deux vagues à l’étranger, mais…
“La présence de ces variantes pourrait entraîner une augmentation globale significative des cas de COVID-19 dans l’UE au cours des semaines et des mois à venir”, a déclaré l’ECDC à la mi-mai. Le graphique suivant, qui sépare les polluants BA.2 et BA4 ou BA.5, montre l’évolution de ces sous-variantes en France.
Les jours fériés et les différences d’échelle peuvent compliquer la lecture de ce tableau. Ce qui suit nous permet de voir cette fois l’évolution en pourcentage depuis 7 jours des cas suspects liés à BA.2 et BA.5.
BA.4 et BA.5 ont déjà provoqué une vague de pollution en Afrique du Sud qui a commencé le 1er avril, suivie d’une augmentation des hospitalisations et des décès. Le pic de cas a été atteint un mois plus tard. Mais pour l’instant, l’impact hospitalier a été plus limité que lors des vagues précédentes.
BA.4 et BA.5 ont également prévalu un peu plus tard au Portugal, provoquant également une augmentation de la pollution qui a commencé début mai et se poursuit toujours. Les hospitalisations et les décès sont également en hausse dans le pays.
Cependant, ces sous-variantes d’Omicron ne conduiraient pas à des augmentations similaires si elles sont indispensables en France. Plusieurs facteurs entrent en jeu, dont le nombre de contacts, mais aussi l’immunité de la population.
À ce stade, cependant, la France diffère légèrement de l’Afrique du Sud et du Portugal : après BA.1, la variante BA.2 a infecté de nombreuses personnes. Santé Publique France, dans une analyse publiée le 18 mai, rappelle à ce sujet que « BA.4 et BA.5 sont génétiquement plus proches de BA.2 que de BA.1 et, de ce fait, BA.2 pourrait conférer une meilleure protection contre BA. 4 et BA.5 ».
Bref, on peut dire sans se tromper que le déclin de la 6ème vague s’est arrêté en France, en partie grâce à la mise en place des variantes BA.4 et BA.5, suspectées de pouvoir renforcer les personnes normalement immunisées. Mais aujourd’hui, il est difficile de dire dans quelle mesure la surcontamination due à ces nouvelles versions d’Omicron conduira à une augmentation significative des cas.
Et même s’il y a une augmentation significative, comme en Afrique du Sud et au Portugal, l’impact sur l’hôpital est encore plus difficile à prévoir. Si l’immunité vaccinale et les infections antérieures réduisent encore fortement le risque de formes graves, les conséquences sanitaires d’une 7ème vague seront limitées. Pour répondre à ces questions, il faudra s’armer de patience et analyser l’évolution des indicateurs dans les semaines à venir.
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